El FONDEP es un fondo concursable al que pueden acceder las Instituciones Educativas que presentan proyectos de innovación y tengan como destino mejorar las prácticas pedagógicas que redunden en aprendizajes de calidad de los estudiantes. El FONDEP debe contribuir a que la Institución Educativa fortalezca su autonomía para que responda mejor a las necesidades de los estudiantes.

Es imprescindible, por tanto, desarrollar estrategias para que pueda hacerlo y que su comunidad educativa cuente con las capacidades necesarias para tomar las decisiones que le encarga la LGE (Ley General de Educación).

El FONDEP es la entidad del sector educación que genera un movimiento de cambio y reforma desde las instituciones educativas, a través del financiamiento de sus proyectos de innovación e inversión, logrando la mejora de los aprendizajes y de la gestión; asegurando condiciones de equidad. Busca generar un proceso descentralizado y colectivo de creación vinculado a nuevos valores normas, tecnologías, métodos, actitudes, comportamientos y relaciones de la comunidad educativa.