El Consejo de Administración (CONAF) del FONDEP es el máximo órgano encargado de la administración de la institución, y está integrado por cinco representantes, designados mediante resolución suprema, por un periodo de cuatro años:

1. Un representante del Ministerio de Educación, que lo preside
2. Un representante del Consejo Nacional de Educación
3. Un representante de los gobiernos locales (Remurpe)
4. Un representante de los gobiernos regionales (ANGR)
5. Un representante del Ministerio de Economía y Finanzas

Funciones

• Aprobar la Agenda y convocatorias oficiales del CONAF
• Orientar la conducción de las reuniones ordinarias y extraordinarias del CONAF
• Monitorear y evaluar la ejecución de los acuerdos del CONAF
• Representar o delegar representatividad oficial del FONDEP ante organismos nacionales e internacionales
• Garantizar que se cumpla con el objeto, naturaleza, finalidad, así como las funciones establecidas para el CONAF por la Ley 28332 Ley del FONDEP y su Reglamento DS 005.205-ED.
• Otras que el CONAF le encargue

Consejeros

Los consejeros del CONAF, cumplirán las funciones que están establecidas en el Art. 14 del Reglamento de la Ley del FONDEP; DS. N° 005-2015-ED.

Nuestro actual CONAF está formado por:

Jaime Montes García, , representante del Minedu 15 junio 2021 a 16 de noviembre de 2021.
Gerson Víctor Ames Gaspar, representante del Consejo Nacional de Educación en el periodo 2020-2022.
Mercedes Torres Chávez, representante de los gobiernos locales 2018-2022 y Javier Peralta Huanca como miembro alterno (Remurpe).
Mary Esther Rosales More, representante de los gobiernos regionales 2018-2022, y a Luis Alberto Bellido Yuta como miembro alterno (ANGR).
Jonathan Enriquez Peña y Milagros Rosario Milla Virhuez, representantes titular y alterno del Ministerio de Economía y Finanzas (RS N°004-2021-MINEDU).

Juan Cadillo León, fue presidente, representante del Ministerio de Educación, de mayo 2019 – mayo 2021.
Aceptan renuncia de representante del Ministerio de Educación ante el Consejo de Administración del FONDEP (21 de mayo de 2021)
Resolución Suprema Nº 005-2021-MINEDU